Nikita, una ragazza che vive per strada, viene condannata all'ergastolo per un omicidio che non ha mai commesso. Il Governo organizza il suo finto suicidio in carcere e la arruola nella Sezione Uno della CIA, un'agenzia segreta anti terrorismo. Nikita deve accettare per non perdere la vita.

Amiche (102)

La Sezione Uno deve proteggere Jovan Mijovich, un politico impegnato nel processo di pace della sua Nazione. Durante le operazioni per scoprire il gruppo di attentatori che vuole eliminare l'uomo, Nikita viene riconosciuta da Julie, un'amica d'infanzia. Nikita cerca in ogni modo di proteggerla, offrendole anche una nuova identità, ma Julie è un elemento operativo del gruppo terroristico che vuole uccidere Mijovich.

Simone (103)

La Glass Curtain è un organizzazione terroristica che utilizza strumenti informatici e recluta i suoi membri via Internet. Nikita viene arruolata e trasportata al quartier generale dell'organizzazione, dove scopre che la moglie di Michael, Simone, è trattenuta contro la sua volontà. Ritenuta da anni morta dalla Sezione Uno, Simone era un'agente operativo della struttura segreta. Michael, che non ha mai smesso di amare la moglie, la vuole liberare ad ogni costo, infiltrandosi a sua volta nella Gluss Curtain.

Carità (104)

A Nikita viene affidata la missione di pedinare un boss del riciclaggio di danaro sporco per appropriarsi della sua lista di contatti. Quando però viene a sapere di tutte le attività benefiche a favore della gioventù disagiata nelle quali l'uomo è coinvolto, comincia ad innamorarsi di lui. Solo l'ammissione da parte della Sezione Uno che le attività benefiche sono in realtà la copertura di un nascosto traffico di bambini, la renderanno di nuovo ostile nei confronti dell'uomo.

Madre (105)

Per impossessarsi di un sofisticato innesco nucleare in mano ad una coppia di spietati terroristi, Nikita si finge la figlia dei due, abbandonata molti anni prima...

Amore (106)

Un contrabbandiere internazionale di armi ruba una grosso quantitativo di gas nervino e Nikita e Michael fingono di essere una coppia di mercenari per infiltrarsi nella sua organizzazione. Quando si scopre che la bomba è stata posizionata in una stazione affollata di gente, Nikita deve mettere a rischio la sua vita per disinnescarla.

Tradimento (107)

La CIA affida alla Sezione Uno la missione di catturare Suba, un informatore straniero utilizzato nell'anti terrorismo e responsabile del contrabbando di scorie radioattive. Il primo tentativo di catturarlo fallisce e Nikita viene ritenuta responsabile dell'insuccesso. Dopo le prime indagini, però, Nikita scopre la presenza di un traditore all'interno dell'organizzazione. Un agente che viene manipolato dallo stesso Suba, che ne tiene in ostaggio il figlio. Nikita deve ora decidere se rischiare l'intera operazione per recuperare il figlio del traditore.

Fuga (108)

Un misterioso personaggio offre a Nikita l'occasione di fuggire una volta per tutte dall'organizzazione , ma la ragazza è sospettosa che l'offerta sia un'ennesima prova di fedeltà alla quale viene sottoposta...

Il signor Gray (109)

La directory del compuetr centrale della Sezione Uno che contiene i nomi di tutti gli agenti segreti viene rubata. Un agente si reca a Praga per recuperare i dati rubati ma viene ucciso. Toccherà a Nikita di di risolvere la situazione.

La scelta (110)

La CIA ritiene che all'interno di un'organizzazione segreta ci sia un elemento che sta trattando con un grosso trafficante di droga. L'obbiettivo è scoprire l'identità del traditore...

Soccorso (111)

La Sezione Uno ha distrutto, con successo, un impianto di armi nucleari in un paese dell'ex blocco sovietico, ma nel farlo, Michael viene ferito e lasciato sul posto. In cerca di fuga, si nasconde nella casa dell'infermiera Angie Georgiev. Per salvare Michael, Nikita e Madeline si fingono rappresentanti di cosmetici per poter entrare nel paese. Una volta arrivata a destinazione Madeline finge un attacco cardiaco per potere essere ricoverata all'ospedale dove dovrebbe trovarsi Michael. Ma quando la copertura di Madeline viene smascherata da un alto ufficiale, Michael deve convincere Angie a rischiare tutto per aiutare tutti a fuggire.

Innocente (112)

Un gruppo di terroristi introduce una testata nucleare in Nord America e minaccia di farla esplodere in una delle maggiori città. Al trasferimento della bomba assiste casualmente Rudy, fattorino che consegna pizze. I responsabili della Sezione Uno, convinti che sia in qualche modo coinvolto nella vicenda, lo interrogano, ma l'unica a credere che l'uomo sia dei tutto estraneo all'accaduto è Nikita. E sarà proprio quest'ultima ad insistere che egli non venga annullato, perché l'intervento di Rudy sarà determinante per riuscire a disattivare la bomba.

La recluta (113)

Nikita viene incaricata di valutare Karen, che sta per terminare il biennio di addestramento, Durante una missione Karen uccide il suo addestratore a sangue freddo e mentre presenta rapporto, mente sull'accaduto. Nikita l'affronta e Karen le confida di essere stata ripetutamente violentata dal suo addestratore. Per Nikita non sarà facile prendere una decisione che stabilirà se Karen continuerà a vivere o no, e cerca di scoprire qualcosa sul passato della ragazza che possa aiutarla in quest'ardua impresa.

Gambit (114)

Quando la Sezione Uno tenta di prendere un ladro di contenitore di Cobalto 60, perde il Cobalto, ma cattura uno dei più famosi terroristi dei mondo, George Kessler. Per trovare il Cobalto 60, Madeline deve interrogare Kessler, il quale usa in modo molto efficace la sua conoscenza di Madeline per resistere. Madell'ne riesce a ad avere la meglio, facendo incontrare a Kessier la figlia che non ha mai conosciuto, ma quando lui la uccide a sangue freddo e scappa, Madeline deve mettere a rischio la propria vita e affrontarlo da sola.

Ossessione (115)

David Fanning è uno dei killer più pericolosi dei mondo, ma la Sezione Uno non riesce a fermarlo. Fannìng possiede The Book, una collezione di informazioni top-secret che potrebbero danneggiare i governi dell'occidente, ma se la sezione tentasse di uccidere Fanning, The Book diverrebbe pubblico automaticamente. L'unico modo per la Sezione Uno di fermarlo è tramite la ragazza di Fanning. Perciò Nikita e Michael sono obbligati a usare tutti i mezzi possibili per assicurarsi la sua lealtà, ma la sua instabilità emotiva potrebbe essere fatale a tutti e due.

Rumori di fondo (116)

Mentre è in missione per rintracciare uno stock di missili Stringer, il furgone della Sezione Uno viene bloccato e Birkoff è obbligato a difendersi per la prima volta. La sua paura di essere ucciso in missioni future interferisce con la sua abilità nel proteggere gli operativi della Sezione, a meno che Nikita non riesca a fargli superare questa paura. Birkoff corre il rischio di essere cancellato.

Guerra (117)

La directory viene rubata e finisce nelle mani di una Cellula Rossa; gli operativi vengono colpiti in tutto il mondo. La sezione è obbligata ad evacuare la sede. Per poter conoscere le prossime mosse di Cellula Rossa, Nikita e Michael tentano di assaltare il nemico ma vengono catturati e torturati. Resistono alle richieste di indicare la nuova sede della sezione, ma Michael fa trasparire il suo amore per Nikita, e lei crolla, perché non sopporta di veder torturare Michael. Dopo aver confessato la nuova ubicazione delle Sezione Uno, Nikita scopre che questo era il piano fin dall'inizio e la Sezione ha in serbo una grande sorpresa per Cellula Rossa.

Scomparso (118)

Uno dei componenti di un'organizzazione criminale che ruba materiale segreto e lo rivende al miglior offerente è Stephen, il figlio che Operations non vede da quando era un bimbo di sette anni. Nel corso di questa missione la Sezione Uno deve contemporaneamente catturare Stephen e i suoi compari e un pericoloso terrorista a cui questi ultimi vogliono vendere un prezioso chip. Operations chiede a Nikita di fare il possibile per salvare la vita al figlio, e la ragazza gli chiede in cambio di riavere la propria libertà. Ma nonostante Nikita abbia preso le sue precauzioni, Operations troverà il modo di non tener fede alla parola data.

Voci (119)

Mentre sta facendo ritorno a Sezione Uno al termine di una missione, Nikita viene aggredita da un noto stupratore serial killer, Crane. La ragazza lo massacra letteralmente di botte. Quando arriva la polizia, gli agenti si rendono conto che chi ha ridotto in quel modo Crane non è una donna qualunque. O'Brien, l'agente che lavora da tempo sul caso di Crane, riesce a scoprire la vera identità di Nikita. Per l'uomo significherebbe la morte, ma Nikita troverà il modo di salvarlo.

Flashback (120)

Nikita deve indagare su un certo Reilly, barista in un locale molto chic, che potrebbe essere un contatto per raggiungere un noto terrorista. Ma alle sue domande l'uomo reagisce gettandosi dalla finestra dei bar che è situato al 650 piano di un grattacielo. Perquisendo il suo appartamento Sezione Uno trova uno strano apparecchio. Scopriranno in seguito che serve a fare il lavaggio del cervello. Nikita però si è sottoposta ad una serie di esperimenti nel tentativo di scoprire a che serviva il dispositivo, che ormai ha preso possesso della sua mente. Quando gli agenti di Sezione Uno riceveranno l'incarico di proteggere il Primo Ministro cinese da probabili attacchi di individui sottoposti anch'essi al lavaggio del cervello scopriranno che il pericolo maggiore è proprio Nikita.

Il verdetto (121)

Jiovan Miovich è stato eletto premier della sua nuova nazione, ma c'è un misterioso killer che ha l'incarico di ucciderlo. Al ballo inaugurale Nikita, Michael, ed altri operativi vigilano sulla sicurezza di Miovich. Il killer viene individuato. Ma un gruppo di compatrioti dei Primo Ministro minaccia di morte Miovich accusandolo di aver violentato ed accecato la figlia dei loro capo, Zoran Bruner, durante la guerra civile. Nikita riesce a convincere Bruner ad ascoltare la testimonianza della giovane. Ma la realtà sarà molto più amara del previsto.

Grazia (122)

Mentre la Sezione sta braccando Tyler, un terrorista pericoloso, scopre che un dipendente di uno dei contatti di Tyler ha inventato un esplosivo plastico che non è assolutamente individuabile. Quando Tyler rapisce il giovane, Nikita e il team sono inviati a catturare l'inventore. Il salvataggio va a monte, e a Nikita vengono dati ordini di cancellarlo. Lei rifiuta. Operation decide che Nikita è ormai andata oltre il limite e la assegna a una missione suicida con altri operativi destinati ad essere cancellati. All'insaputa di Operation, Michael da a Nikita il mezzo per scappare, ma la sua libertà cambierà le loro vite per sempre.